Nasiona oraz łupina nasienna babki jajowatej wspierają prawidłową pracę układu pokarmowego. W łagodny sposób oddziałują na śluzówkę jelit, wspomagając ich właściwą perystaltykę. Dzięki właściwościom wiązania wody przyczyniają się do zmiękczenia stolca oraz zwiększenia jego objętości. Korzystnie wpływają na szybsze przesuwanie się treści pokarmowej w jelitach (pasaż jelitowy), przez co znacznie ułatwiają wypróżnianie. Łupiny nasienne babki jajowatej pomagają ponadto utrzymać prawidłowy poziom cholesterolu we krwi.